保密檢查的方式很多，單位在組織開展保密檢查時，一般不單獨采取某種檢查方式，而是根據保密工作形勢需要，綜合采取不同的檢查形式，確保檢查的針對性和有效性。近年來，各單位在工作實踐中，根據保密檢查內容、手段、時間、主體等的不同，形成了以下不同的保密檢查形式:
1、全面檢查和專項檢查
根據檢查內容的不同，可以將保密檢查分為全面檢查和專項檢查。全面檢查，是指檢查內容為兩項以上的檢查。例如，對保密工作整體情況的考核和檢查，就包括保密工作責任制落實情況、保密制度建設情況、保密教育培訓工作情況、涉密人員管理情況、涉密場所管理情況等多項檢查內容。專項檢查，是指檢查內容為特定一項的檢查。例如，對定密工作開展的檢查，對保密普法情況的檢查，對脫密期涉密人員管理情況的檢查，對計算機及移動存儲介質使用管理情況的檢查等。
2、人工檢查和技術檢查
根據檢查手段的不同，可以將保密檢查分為人工檢查和技術檢查。人工檢查，是指不需要采取技術手段，由檢查人員通過查閱資料、聽取匯報、詢問工作人員等方式進行的檢查。例如，對定密的檢查、對保密制度建設情況的檢查、對涉密人員管理情況的檢查等。技術檢查，是指使用保密技術檢查裝備和手段，對網絡、設施、設備和場所等進行的檢查。例如，對信息系統、信息設備和存儲設備的保密檢查。
3、單位自查和上級抽查
根據檢查主體的不同，可以將保密檢查分為單位自查和上級抽查。單位自查，是指根據上級安排部署或本單位工作計劃進行的檢查。單位應當定期對本單位保密工作開展情況進行自查，及時發現問題，消除失泄密隱患。上級抽查，是指保密行政管理部門或上級主管部門根據工作安排，對單位進行的保密檢查。例如，國家保密行政管理部門組織開展的隨機保密檢查、專項保密檢查等，都是在各單位自查的基礎上，集中時間和力量組織進行抽查。
4、現場檢查和遠程檢查
根據檢查方式不同，可以將保密檢查分為現場檢查和遠程檢查。現場檢查，是指檢查人員到受檢單位進行的檢查。目前進行的保密檢查大多是現場檢查。例如，對定密工作、保密制度建設情況、涉密人員管理情況的檢查。遠程檢查，是指檢查人員不到受檢單位現場，而是利用網絡技術監管平臺或其他技術手段，通過遠程方式進行的檢查。例如，互聯網門戶網站涉密信息檢查等。
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