按照《中華人民共和國保守國家秘密法》的規定，國家秘密是關系國家安全和發展利益，依照法定程序確定，在一定時間內只限一定范圍的人員知悉的事項。
按照中國《反不正當競爭法》的規定，商業秘密是指不為公眾所知悉、能為權利人帶來經濟利益，具有實用性并經權利人采取保密措施的技術信息和經營信息。
國家秘密和商業秘密同是涉及國家秘密的企業、事業單位所產生的兩種秘密形態，特別是涉及經濟、科技、國防、能源等方面的秘密事項十分相近相似，往往容易產生混淆。正確把握兩者的關系，無論對于國家秘密保護還是對于商業秘密保護，都有重要意義。
國家秘密與商業秘密的區別，主要表現在以下方面：
一是各自涉及的利益主體不同。國家秘密的利益主體是國家，商業秘密的利益主體是權利人。國家秘密是關系國家安全和利益的事項，其內容涉及國家的政治、軍事、外交、國民經濟和社會發展、科學技術、社會穩定和公共安全等領域，國家秘密一旦泄露會使國家的安全和利益受到損害。而商業秘密僅僅是涉及權利人經濟利益和競爭優勢，其內容也局限于科研、生產、經營活動有關的技術信息和經營信息。商業秘密一旦泄露，損害的是商業秘密權利人的利益，如企業、科研機構或技術研究人員的利益。
二是確定的權限和程序不同。國家秘密必須依照法定程序確定，必須以國家有關部門頒布的保密范圍作為確定國家秘密具體事項的法律依據。商業秘密的確定沒有嚴格的法定程序，只要符合商業秘密的相關條件，由權利人自己確認并采取合理實際的保密措施，就會受到法律的保護。
三是處置的權限不同。國家秘密未經法律授權的機關審查批準，不得擅自對外提供或轉讓。商業秘密只要權利人愿意，一般都可以參與市場交易進行轉讓，不需要嚴格履行法定程序。除非這種轉讓有礙公序良俗，會對他人的權利或公共利益造成損害，否則不受法律約束。
四是適用的法律規范不同。由于國家秘密和商業秘密適用的法律不同，所以法律對兩者的規范也不盡相同。對于國家秘密來講，保密措施是依法實施的，密級越高，按規定必須采取的保密措施也越嚴格。對商業秘密來說，法律并不對權利人要采取哪些保密措施做出統一規定，而是由權利人自行決定采取何種保密措施。法律對于國家秘密的保護是一種強制力的國家行為，任何有權接觸、使用國家秘密的人都必須承擔相應的保密義務，任何非法披露、提供或轉讓國家秘密的行為，都是泄密行為，都要依法追究法律責任。而泄露商業秘密，權利人可以要求依法追究當事人的責任，也可以放棄訴權不予追究。泄露國家秘密應承擔的法律責任主要是刑事責任和行政責任，泄露商業秘密承擔的法律責任主要是刑事責任和民事責任。
商業秘密與國家秘密有著千絲萬縷的聯系。在我國以公有制經濟為主體的經濟結構中，國有企業特別是國家高度控制的能源、國防、金融、電信等直接關系國家經濟安全的基礎工業，商業秘密與國家秘密的聯系更為緊密。主要表現為：商業秘密是與國家利益相關的特殊商業信息；商業秘密與國家秘密在一定條件下可以相互轉化；商業秘密中的部分重要技術信息和經營信息也屬于國有無形資產。
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