國家秘密和商業秘密既有區別又有聯系，主要體現在以下幾個方面：
一：法律支撐和規定方面
國家秘密保護有嚴格完備的法規體系支撐，國家頒發有《保守國家秘密法》及其實施條例，以及其他相關法律，很多保密措施是法定的，密級越高，按規定必須采取的保密措施也越嚴格。
法律對于國家秘密的保護是具有強制力的，任何有權接觸、使用國家秘密的人都必須承擔保密義務，非法披露、提供或轉讓，都要受到追究，都要承擔泄密的法律責任。泄露國家秘密應承擔的法律責任主要是刑事責任和行政責任。
商業秘密保護的相關法律分散，法規支撐不力，至今為止我國仍未制定《商業秘密保護法》。對于商業秘密的保護主要依靠《中華人民共和國反不正當競爭法》和《關于禁止侵犯商業秘密行為的若干規定》，以及其他法律的一些條文，沒有建立起完整的商業秘密保護的法律體系，這給商業秘密的保護帶來了一些難度。
法律沒有對權利人要采取哪些保密措施做出規定，可以由權利人自行決定如何進行保密。泄露商業秘密，權利人可以要求依法追究，也可以放棄訴訟權不予追究。侵犯商業秘密承擔的法律責任主要是民事責任，只有當侵犯商業秘密行為造成權利人重大經濟損失或者有其他嚴重后果的，才能追究刑事責任。
二：權利主體及涉及的利益方面
國家秘密體現公權力，其權利主體是國家。國家秘密是關系國家安全和利益的事項，涉及的是國家的利益，其內容涉及國家和政治、軍事、外交和外事、國民經濟和社會發展、科學技術、國家安全和刑事司法等領域。國家秘密一旦泄露，會使國家的安全和利益受到損害。
商業秘密體現私權利，其權利主體是技術、經營信息的發明人或者其他合法所有人、使用人。商業秘密一旦泄露，損害的是商業秘密權利人的利益。
但是，這種利益上的區別并不是一成不變的，在一定條件下是可以相互轉化的。例如，隨著科技的進步和生產的發展，有些經濟、科技領域的國家秘密事項會逐漸削弱對國家安全和利益的影響，以至喪失了國家秘密的屬性。
但對于使用這些秘密事項的企業來說，或許還存在著一定的競爭優勢和經濟效益，此時的國家秘密就有可能轉化為商業秘密。又例如，企業開發、研制屬于商業秘密的科技項目，也可能具有極大的先進性和獨創性，或對國民經濟產生重大影響，或與國家安全的關系十分密切，在這種情況下商業秘密也有可能上升為國家秘密。
需要注意的是，雖然商業秘密與國家秘密在一定條件下可以相互轉換，但是無論在何時，商業秘密與國家秘密不可能同時存在，否則就會造成國家秘密的泄露。
三：定密權限、程序以及遵循的原則方面
國家秘密定密有嚴格的規定，必須依照法定程序確定，必須以國家有關部門頒布的《保密范圍》作為確定國家秘密具體事項的依據。國家秘密定密遵循“最小化”原則。
商業秘密的確定沒有法定程序，可以用企業自認為合適的方法定密，只要符合商業秘密的基本條件，權利人又采取了合理的保密措施，就可以受到法律的保護。
商業秘密保護是寬泛化的，原則是應保盡保，所以定密一般遵循“最大化”原則。但需注意的一個問題是：在我國侵犯商業秘密案件審理程序一般遵循逐段審理的思路，一般分三步走：
首先，對原告是否有權就該商業信息主張權利、該商業信息是否符合商業秘密構成要件進行審查和認定；
其次，在商業秘密成立且原告有權主張權利的前提下，對被告是否實施了侵權行為進行審查和認定；
最后，在被告構成侵權的情況下，對被告承擔的民事責任進行審查和認定。所以，企業在商業秘密定密遵循“最大化”原則時，應充分考慮該商業信息是否具備商業秘密的要件，否則，即使企業將該商業信息作為商業秘密進行保護，但是在發生失泄密后也得不到法律救濟，而且會造成過多的保密成本。
四：告知程序方面
國家秘密不需要提前告知。由國家有關機關和單位按照一定程序確定國家秘密的知悉范圍，在知悉范圍內不需要有特定的告知程序。
商業秘密必需要進行告知。公司員工根據《勞動合同法》有默示的、附隨的保守公司商業秘密的義務，但是究竟哪些資料或者信息是公司的商業秘密，員工是不清楚的，所以公司需要對這些資料或者信息進行定密工作并通過有效手段告知員工和相關單位及人員。有效告知解決“真不知道”和“假不知道”兩個問題，為將來產生的法律糾紛或行政處分建立前提條件。
五：人員流失對失泄密影響方面
保守國家秘密是每個公民的法定義務，不會因為公民在企業、單位之間的流動而喪失保守國家秘密的義務，所以國家秘密保護不太怕人員流動。
而商業秘密保護很怕人員流動。因為員工在離開原公司后則不再負有保密義務（根據《公司法》相關規定，公司董事、高管等除外），與原公司簽有《競業限制協議》并正在履行協議的員工在競業限制期內繼續負有保密義務，競業限制到期后則不再負有保密義務。
在我國，競業限制期不能超過兩年，這給部分保密期限較長并擁有長期保持競爭優勢屬性的商業秘密來說，增加了保密難度，所以只有確保相關知悉人員不流失才能最大限度保護好該商業秘密。
六：保密防護措施方面
國家秘密的保密措施有嚴格的技術標準和要求，需要按標準進行防護，以確保國家秘密的安全，所以比較嚴苛、死板，不能與時俱進且投入較大。
商業秘密的保密措施則由企業自主確定，在技術防護方法上相比而言較為靈活。企業應根據本企業實際情況和保密需求，采取相應合理的保密措施，以求達到保密效果的最優性價比。
七：處置權限方面
國家秘密未經法律授權的機關審查批準，不得擅自對外提供或轉讓。
商業秘密權利人可以根據自身需要對擁有的商業秘密進行轉讓。
商業秘密和國家秘密的不同，導致國家秘密和商業秘密保護措施和方法的不同，只有注意到這些區別，才能更有實效地保護商業秘密。
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